数码世界出现新的危机，而人类世界也受到了波及。几位中学生被恒常性选中，成为了拥有数码兽搭档的驯兽师，前往数码世界以帮忙化解危机。这群以解决两个世界直接的问题，维持它们之间的平衡为任务的孩子们，被称为“数码兽守护者”。